Nghiên cứu khảo sát tần suất alen 15 locus đa hình STR ở quần thể người Việt
Main Article Content
Abstract
Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành khảo sát tần suất alen của 15 locus đa hình STR: D5S818, D7S820, D13S317, CSF1PO, TPOX, TH01, D16S539, D3S1358, vWA, F13B, FES/FPS, LPL, F13A01, D8S1179 và HPRTB ở 250 cá thể người Việt. Các phương pháp sử dụng bao gồm kỹ thuật PCR, kỹ thuật điện di nhuộm bạc, phương pháp đọc kiểu gen dựa trên thang alen chuẩn, tính toán các chỉ số dựa trên phương pháp thống kê. Tần suất phân bố alen của 15 locus đều phù hợp với phân bố lý thuyết theo định luật Hardy Weinberg. Kết quả đã phát hiện được 106 alen của 15 locus với tần suất phân bố từ 0,2% đến 68,8%. Có 12 alen hiếm trong số 106 alen đã được xác định với tần suất 0,2%. Phân bố tần suất alen có sự khác biệt ở 4/15, 9/15 và 7/15 locus khi lần lượt so sánh với tần suất phân bố ở các quần thể người Hán - Trung Quốc, người Ba Lan (khu vực miền Bắc) và người Mỹ (gốc Phi). Khả năng phân biệt đạt được ở tổ hợp 15 locus là 0,999999999999984. Có thể sử dụng 15 locus đa hình đã nghiên cứu trong ứng dụng nhận dạng cá thể và xác định huyết thống ở quần thể người Việt.
Từ khóa. Locus STR, nhận dạng cá thể, quần thể người Việt, tần suất alen.
References
[2] Nghiêm Xuân Dũng, Lương Thị Yến, Lê Thị Bích Trâm, Nguyễn Thanh Hà, (2005). “Kết quả nghiên cứu tối ưu điều kiện PCR phức 3 cặp mồi các locus CSF1PO, TPOX, TH01”, Báo cáo khoa học hội nghị toàn quốc 2005. Những vấn đề nghiên cứu cơ bản trong khoa học sự sống, tr. 1167 – 1170.
[3] Trần Minh Đôn, Nghiêm Xuân Dũng, Lương Thị Yến, Lê Thị Bích Trâm, Trần Trọng Hội, Trần Minh Trí (2005). “Thiết kế mồi và tối ưu hoá phản ứng PCR locus đa hình D3S1358 sử dụng trong nhận dạng cá thể người”. Báo cáo khoa học hội nghị toàn quốc 2005. Những vấn đề nghiên cứu cơ bản trong khoa học sự sống, tr.1188-1190.
[4] Ewa Raczek (2006). “Population data on the 11 STR loci in the Upper Silesia (Poland)”. Forensic Sci Int 168: 68-72.
[5] Frank HS (2010), Calculation for Molecular Biology and Biotechnology. Elservier Inc.
[6] Hill CR, Duewer DL, Kline MC, Coble MD, Butler JM (2013) U.S. population data for 29 autosomal STR loci. Forensic Sci. Int. Genet. 7: e82-e83
[7] Iva Gomes, Mechthild Prinz, Rui Pereira, Carole Meyers, Rebecca S. Mikulasovich, Antonio Amorim, Angel Carracedo, Leonor Gusmao (2007). “Genetic analysis of three US population groups using an X-chromosomal STR decaplex”. Int J Legal Med 121: 198-203.
[8] Jian Liu, Li Guo, Rong Qi, Shu-yin Li, Jiao-yan Yin, WeiZhang, Zhongfu Sun, Xiurong Tian, Bing Gao (2013). “Allele frequencies of 19 autosomal STR loci in Machu population of China with phylogenetic structure among worldwide population”. Gene 529: 282-287.
[9] Liang Lei, Jie Xu, Quingqing Du, Lihong Fu, Xiaojing Zhang, Feng Yu, Chunling Ma, Bin Cong, Shujin Li (2015). “Genetic polymorphism of the 26 short tandem repeat loci in the Chinese Hebei Han population using two commercial forensic kits”. Mol Bio Rep 42 : 217-225.
[10] Nata M., Kimura T., Hashiyada M., He P., Yan W., Li X., Funayama M.,Sagisaka K. (1999). “Allele frequencies of eight STRs in Japanese and Chinese”. Int J Leg Med 112: 396-399.
[11] Qiu-Ling Liu, De-Jian Lu, Xin-Guo Li, Hu Zhao, Jian-Miao Zhang, Yun-Ke Lai, Ye-Fei Chen (2011). “Development of the nine X-STR loci typing system and genetich analysis in three nationality populations from China”. Int J Leg Med 125: 51-58.
[12] Shriver MD, Jin L, Boerwinkle E, Deka R, Ferrell RE, Chakraborty R (1995). A novel measure of genetic distance for highly polymorphic tandem repeat loci. Mol Bio and Evol 12, 914-920.
[13] Szczerkowska Z, Kapinska E, Wysocka J, Cybulska L (2004). “Northern Polish population data and forensic usefulness of 15 autosomal STR loci”. Forensic Sci Int 144: 69-71.
[14] Lê Thị Bích Trâm, Lương Thị Yến, Trần Minh Đôn, Nguyễn Thanh Hà, Đinh Đoàn Long, Trịnh Đình Đạt (2011). Nghiên cứu thiết kế mồi, tối ưu điều kiện phản ứng PCR phức ba locus : F13A01 - D8S1179 - HPRTB và locus giới tính Amelogenin. Tạp chí phân tích Hóa-Lý và Sinh học. T-16 - Số 2/2011. Trang 39-43.
[15] Lê Thị Bích Trâm, Trần Trọng Hội, Bùi Nguyên Hải, Nguyễn Văn Hà, Đinh Đoàn Long, Trịnh Đình Đạt (2011). Kết quả nghiên cứu chế tạo thang alen chỉ thị các locus đa hình F13A01, D8S1179 và HPRTB ở người Việt. Tạp chí phân tích Hóa-Lý và Sinh học. Tạp chí phân tích Hóa-Lý và Sinh học. T-16 - Số 1/2011. Trang 10-14.
[16] Witold Pepinski, Malgeorzata Skawronska, Anna Niemcunowicz-Janica, Ewa Koc-Zorawska, Jerzy Janica, Ireneusz Soltyszewski (2005). “Polymorphism of four X-chromosomal STRs in a Polish population sample”. Forensic Sci Int 151: 93-95.