Một số đột biến trong gen mã hóa protease HIV type -1 phân lập ở Việt Nam
Main Article Content
Abstract
Tóm tắt. Bằng cách nhân dòng và xác định trình tự đoạn gen mã hoá cho protease của HIV phân lập tại ViệtNam, chúng tôi đã phát hiện thấy 10 loại đột biến thay thế axit amin khác nhau (I13V, I15V, G16E, E35D, M36I, R41K, H69K, V82I, N83T và L89M) trong 8 trình tự gen được khảo sát. Khi so sánh với các đột biến trong ngân hàng dữ liệu HIV quốc tế (http://hivdb.stanford.edu) thì thấy rằng trong số 10 đột biến vừa nêu, đột biến xẩy ra ở vị trí nucleotide 248 (A248C), dẫn đến sự thay thế asparagine bằng threonine ở vị trí 83 (N83T) trong chuỗi polypeptide là thuộc nhóm đột biến kháng nhẹ thuốc ức chế protease (minor mutation). Chúng tôi đang tiến hành nghiên cứu biểu hiện gen này để xem xét một số tính chất xúc tác của enzyme.
Từ khóa: HIV, Protease HIV-1, đột biến kháng thuốc.References
[1] T.T.C. Phan, A. Ishazaki, D.C. Phung, X. Bi, S. Oka, H. Ichimura, Characterization of HIV Type 1 Genotypes and Drug Resistance Mutations Among Drug-Naive HIV Type 1-Infected Patients in Northern Vietnam. AIDS Res Hum Retrovir 26 (2010) 233.
[2] A. Ishizaki, H.C. Nguyen, V.T. Pham, V.T. Nguyen, K. Saijoh, S. Kageyama, K. Ishigaki, J. Tanama, S. Oka and H. Ichimura, Profile of HIV-1infection and genotypic resistance mutations to antiretroviral drugs in treatment-native HIV-1-infected individuals in Hai Phong, Vietnam. AIDS Res Hum Retroviruses 25 (2009) 175.
[3] W.J. Lech, G. Wang, Y.L. Yang, Y. Chee, K. Dorman, D. McCrae, L.C. Lazzeroni, J.W. Erickson, J.S. Sinsheimer, A.H. Kaplan, In vivo sequence diversity of the protease of human immunodeficiency virus type 1: presence of protease inhibitor-resistant variants in untreated subjects. J Virol 70 (1996) 2038.
[4] N.L. Michael, S.A. Herman, S. Kwok, K. Dreyer, J. Wang, C. Christopherson, J.P. Spadoro, K.K. Young, V. Polonis, F.E. McCutchan, J. Carr, J.R. Mascola, L.L. Jagodzinski, M.L. Robb, Development of calibrated viral load standards for group M subtypes of human immunodeficiency virus type 1 and performance of an improved AMPLICOR HIV-1 MONITOR test with isolates of diverse subtypes, J Clin Microbiol 37 (1999) 2557.
[5] http://hiv.lanl.gov
[6] K. Kato, S. Kusagawa, K. Motomura, R.Yang, T. Shiino, K. Nohtomi, K. Sato, K. Shibamura, T.H. Nguyen, K.C. Pham, H.T. Pham, C.T. Duong, C.Q. Nguyen, D.T. Bui, T.L. Hoang, Y. Nagal, Y. Takebe, Closely related HIV-1 CRF01_AE variant among injecting drug users in Vietnam: Evidence of HIV spread across the Vietnam-China border. AIDS Res Hum Retrovir 20 (2001)113.
[7] http://hivdb.stanford.edu.
[8] A.M. Wensing, C.A. Boucher Worldwide transmission of drug-resistant HIV, AIDS Res Hum Retrovir. 5 (2003) 140-55.
[9] A. Caumont, T.H.L. Nguyen, T.V.U. Nguyen, V.H. Pham, E. Schvoerer, M.S.G. Urriza, P. Roques, M.H. Schrive, T.T.X. Lien, M.E. Lafon, D. Dormont, F.B. Sinoussi, H.J.A. Fleury, Sequence Analysis of env C2/V3, gag p17/p24, and pol Protease Regions of 25 HIV Type 1 Isolates from Ho Chi Minh City, Vietnam, AIDS Res Hum Retrovir 13 (2001) 1285.
[2] A. Ishizaki, H.C. Nguyen, V.T. Pham, V.T. Nguyen, K. Saijoh, S. Kageyama, K. Ishigaki, J. Tanama, S. Oka and H. Ichimura, Profile of HIV-1infection and genotypic resistance mutations to antiretroviral drugs in treatment-native HIV-1-infected individuals in Hai Phong, Vietnam. AIDS Res Hum Retroviruses 25 (2009) 175.
[3] W.J. Lech, G. Wang, Y.L. Yang, Y. Chee, K. Dorman, D. McCrae, L.C. Lazzeroni, J.W. Erickson, J.S. Sinsheimer, A.H. Kaplan, In vivo sequence diversity of the protease of human immunodeficiency virus type 1: presence of protease inhibitor-resistant variants in untreated subjects. J Virol 70 (1996) 2038.
[4] N.L. Michael, S.A. Herman, S. Kwok, K. Dreyer, J. Wang, C. Christopherson, J.P. Spadoro, K.K. Young, V. Polonis, F.E. McCutchan, J. Carr, J.R. Mascola, L.L. Jagodzinski, M.L. Robb, Development of calibrated viral load standards for group M subtypes of human immunodeficiency virus type 1 and performance of an improved AMPLICOR HIV-1 MONITOR test with isolates of diverse subtypes, J Clin Microbiol 37 (1999) 2557.
[5] http://hiv.lanl.gov
[6] K. Kato, S. Kusagawa, K. Motomura, R.Yang, T. Shiino, K. Nohtomi, K. Sato, K. Shibamura, T.H. Nguyen, K.C. Pham, H.T. Pham, C.T. Duong, C.Q. Nguyen, D.T. Bui, T.L. Hoang, Y. Nagal, Y. Takebe, Closely related HIV-1 CRF01_AE variant among injecting drug users in Vietnam: Evidence of HIV spread across the Vietnam-China border. AIDS Res Hum Retrovir 20 (2001)113.
[7] http://hivdb.stanford.edu.
[8] A.M. Wensing, C.A. Boucher Worldwide transmission of drug-resistant HIV, AIDS Res Hum Retrovir. 5 (2003) 140-55.
[9] A. Caumont, T.H.L. Nguyen, T.V.U. Nguyen, V.H. Pham, E. Schvoerer, M.S.G. Urriza, P. Roques, M.H. Schrive, T.T.X. Lien, M.E. Lafon, D. Dormont, F.B. Sinoussi, H.J.A. Fleury, Sequence Analysis of env C2/V3, gag p17/p24, and pol Protease Regions of 25 HIV Type 1 Isolates from Ho Chi Minh City, Vietnam, AIDS Res Hum Retrovir 13 (2001) 1285.